УПРАВЛЕНИЕ: командование военного института; учебный отдел; научно-исследовательский и редакционно-издательский отдел (научно - иследовательское отделение, редакционно издательская группа); строевой отдел (отделение комплектования, группа учета); отдел кадров; отдел по военно-политической работе (лаборатория профессионального отбора); группа боевой готовности; группа службы войск и безопасности военной службы; финансовый отдел (учетно — расчетная группа, группа учета материальных средств); юридическая служба; служба связи; инженерная служба; служба радиационной, химической и биологической защиты; медицинская служба; дежурная служба; военная автомобильная инспекция; техническая часть (автобронетанковая служба, служба артиллерийского вооружения, служба горючего и смазочных материалов); тыл (продовольственная служба, вещевая служба, квартирно-эксплуатационная служба); секретно-картографическое отделение (группа по защите государственной тайны, машинописное бюро, секретная библиотека).

ОСНОВНЫЕ ПОДРАЗДЕЛЕНИЯ: 5 батальонов курсантов; факультет (сил специального назначения) в составе: управление, 5 рот курсантов, курсы повышения квалификации офицерского состава, кафедра служебно-боевого применения сил специального назначения, кафедра перевода и переводоведения; адъюнктура (очного и заочного обучения); кафедры военного института (управления повседневной деятельностью; тактики служебно-боевого применения подразделений; автомобилей, бронетанкового вооружения и техники; огневой подготовки; обеспечения служебно-боевой деятельности; математики и информатики; теории и истории государства и права; конституционного и административного права; уголовного процесса и криминалистики; гражданского права; физической подготовки и спорта; гуманитарных и социальных наук; военной педагогики и психологии; иностранных языков.

ПОДРАЗДЕЛЕНИЯ ОБЕСПЕЧЕНИЯ: батальон обеспечения учебного процесса (управление, рота обеспечения учебного процесса, комендантская рота, автомобильная рота, рота материального обеспечения, ремонтный взвод); учебный центр г. Искитим 60 км., узел связи, центр информационных технологий, группа военной автомобильной инспекции, учебно - опытная мастерская (по ремонту и изготовлению технических средств обучения и наглядных пособий), типография, военная поликлиника (с лазаретом на 35 коек), военный оркестр, клуб, библиотека.