Успешно пройдя процедуру государственной аттестации и аккредитации, в апреле 1999 года военное училище преобразовано в военный институт с пятилетним сроком обучения.
За высокие достижения в деле подготовки офицеров для внутренних войск МВД России распоряжением Правительства Российской Федерации от 21 июля 2008 года Новосибирскому военному институту внутренних войск МВД России присвоено почётное наименование – «имени генерала армии И.К. Яковлева». Такой чести наш военный институт удостоился не случайно – именно Иван Кириллович Яковлев является его отцом-основателем. Мудрое и проницательное решение генерала армии о создании на сибирской земле военного училища оправдало себя – войска пополнились сибиряками, у которых верность и патриотизм в крови. 29 ноября 2008 года военному институту, одному из первых, было вручено Боевое Знамя нового образца.
В связи с преобразованием в 2016 году внутренних войск Министерства внутренних дел России в войска национальной гвардии Российской Федерации и на основании приказа директора Федеральной службы войск национальной гвардии Российской Федерации от 24 октября 2016 года № 333 «Об утверждении Устава Федерального Государственного казенного военного образовательного учреждения высшего образования Новосибирский военный институт имени генерала армии И. К. Яковлева войск национальной гвардии Российской Федерации», Новосибирский военный институт имени генерала армии И. К. Яковлева внутренних войск МВД России был переименован в Новосибирский военный институт имени генерала армии И. К. Яковлева войск национальной гвардии Российской Федерации.
Многие наши выпускники награждены государственными наградами – орденами и медалями.
Среди выпускников семь Героев Российской Федерации, более шестидесяти офицерам присвоено высокое воинское звание «генерал». Славное прошлое, вера в достойное будущее – эти слова могли бы стать девизом Новосибирского военного института имени генерала армии И.К. Яковлева войск национальной гвардии Российской Федерации!
Сегодня Новосибирский военный институт имени генерала армии И.К. Яковлева войск национальной гвардии Российской Федерации – один из лучших военных институтов войск национальной гвардии Российской Федерации. В значительной степени это заслуга руководителей военного училища - института, отдавших ему в разное время все свои силы и энергию.
С мая по июль месяц 2018 года личный состав факультета сил специального назначения принимал участие в обеспечении безопасности при проведении Чемпионата мира по футболу в г. Казань, показав высокие результаты в служебно-боевой деятельности. Руководство Росгвардии высоко оценило качество подготовки и выполнения задач военнослужащими военного института.
5 августа 2018 года в день 100 - летия генерала армии И.К. Яковлева на территории военного института состоялось открытие бюста легендарному командующему – основателю военного института.
На торжественном мероприятии присутствовали - депутат Законодательного собрания Новосибирской области Александров Алексей Алексеевич, представитель мэрии г. Новосибирска - глава Октябрьского района г. Новосибирска Прокудин Петр Иванович, командующий Сибирским округом ВНГ РФ генерал – полковник Стригунов Виктор Николаевич, представители воинских частей и территориальных органов Сибирского округа ВНГ России, военно-патриотических молодежных клубов г. Новосибирска.
21 сентября 2018 года Статс-секретарь - заместитель директора Росгвардии генерал-полковник Сергей Захаркин вручил Боевое знамя Новосибирскому военному институту имени генерала армии И.К. Яковлева войск национальной гвардии Российской Федерации. Учебное заведение стало вторым ведомственным вузом, получившим знамя нового образца.
Воинский ритуал состоялся на плацу военного института. В мероприятии приняли участие генералы и офицеры Росгвардии, курсанты института, ветераны, представители местной власти, духовенства и общественных организаций, родные и близкие военнослужащих.
2 марта 2021 года Новосибирский военный институт войск национальной гвардии Российской Федерации имени генерала армии И.К. Яковлева отметил 50-летний юбилей. В честь этого знаменательного события, а также за высокие показатели в боевой подготовке, подготовку квалифицированных специалистов, мужество и самоотверженность выпускников, проявленные в ходе выполнения учебно-боевых задач, Указом Президента Российской Федерации № 103 от 18.02.2021 года учебное заведение награждено орденом Жукова.
Торжественная церемония, в ходе которой директор Федеральной службы войск национальной гвардии Российской Федерации — главнокомандующий войсками национальной гвардии Российской Федерации генерал армии Виктор Золотов вручил государственную награду прославленному вузу, состоялась в Доме учёных Сибирского отделения Российской академии наук.
В своем выступлении генерал армии Виктор Золотов отметил, что заслуги института по достоинству оценены руководством страны, и вручение государственной награды - большой праздник для всех войск национальной гвардии Российской Федерации.
Директор Росгвардии подчеркнул, что за весьма непродолжительный по историческим меркам период институт, ставший базовой площадкой для подготовки офицеров ведомственного спецназа и разведки, обеспечил качественную подготовку высококлассных военных специалистов.
За прошедшие полвека институт занял достойное место в ряду образовательных организаций нашей страны, а также обрел заслуженный авторитет среди всех силовых структур государства, представители которых неизменно подчеркивают высокий уровень подготовки и квалификации выпускников-новосибирцев.
Стоявшие у его истоков начальник внутренних войск МВД СССР генерал армии Иван Кириллович Яковлев и первый начальник вуза генерал-майор Александр Николаевич Рожкин заложили прочный фундамент, основанный на личном боевом опыте, примерах ратной чести и доблести, который со временем укреплялся их многочисленными последователями.
Генерал армии Виктор Золотов выразил уверенность, что научный и творческий потенциал всего коллектива учебного заведения позволят и впредь безупречно решать стоящие перед институтом задачи. Он пожелал личному составу института, ветеранам и выпускникам крепкого здоровья, счастья, благополучия и дальнейших успехов на благо нашей Родины.
